厚生労働省は「接種の積極的勧奨を差し控える」という形で日本脳炎の定期予防接種を事実上、中止することを決め、５月30日付けで都道府県に通知した。ただし、日本脳炎流行地への渡航などで、本人またはその保護者が希望する場合は、効果と副反応を説明し、明示の同意を受けたうえで、現行の日本脳炎ワクチンの接種を行うことは認められる。

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この勧告は2004年７月に山梨県甲斐市の女子中学生が日本脳炎ワクチン接種後、重い急性散在性脳脊髄炎（ADEM）を発症し、人工呼吸器をつけるほどの重態に陥ったことを受けて発令した。これまでも日本脳炎ワクチンが原因とみられるADEM発症例の報告はあったが、軽症ですんでいたため定期接種は続けていた。

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現行の日本脳炎ワクチンは、マウスの脳で日本脳炎ウイルスを培養し、それを精製した後にホルマリンなどで不活化したものを使っている。そのため、微量だが、マウスの脳組織が残存する可能性があり、これがADEMを引き起こす可能性を否定できなかった。

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現在、脳組織での培養でなくヒトや動物の細胞を使った「組織培養法」による日本脳炎ワクチンの開発が進んでいる。組織培養法によるワクチンの場合、接種後のマウス脳成分による問題が発生する可能性はなくなるという。厚生労働省によると、組織培養法による日本脳炎ワクチンの安全性を確認できればワクチンの接種勧奨を再開する予定だ。

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現行の日本脳炎予防接種スケジュールは１期として、生後６カ月以上90カ月未満（標準として３歳）に２回、初回接種後の約１年後に１回。２期目として９歳以上13歳未満（標準として９歳）に１回。３期目として14歳以上15歳以下（標準として14歳）に１回受けるようになっており、年間で約400万人が接種している。